Từ năm 1960, một tuyến đê dài hơn 30 km được đắp bên phía tả ngạn để trị thủy sông Đáy, biến Vân Long thành một vùng đất ngập nước rộng đến 3.500ha, kéo những loài chim di trú dừng chân kiếm ăn trên đường tránh rét. Những quả núi bị cô lập thành những đảo đá giữa thung nước mênh mông đã "tình cờ" trở thành cứu cánh cho nhiều loài động, thực vật thoát khỏi bàn tay triệt phá của con người. Nhưng sự tình cờ đáng giá nhất phải kể đến khi các chuyên gia nước ngoài phát hiện Vân Long có tới hơn 40 cá thể voọc mông trắng đang sinh sống. Phát hiện này làm giới khoa học ngỡ ngàng, bởi voọc quần đùi trắng là loài có nguy cơ tuyệt chủng cao, có tên trong sách đỏ thế giới. Trước đó, loài linh trưởng này chỉ được biết đến ở VQG Cúc Phương. Việc nghiên cứu khu vực đầm Vân Long đã đưa các nhà khoa học từ ngạc nhiên này đến ngạc nhiên khác, bởi động thực vật nơi đây rất đặc trưng cho hai hệ sinh thái núi đá vôi và đất ngập nước của vùng châu thổ sông Hồng. Ngoài voọc mông trắng, tại Vân Long còn nhiều loài động, thực vật được ghi trong sách đỏ Việt Nam như tuế lá rộng, mã tiền, lát hoa, gấu ngựa, báo gấm, kỳ đà hoa... Đặc biệt, ở đây còn có một loài côn trùng gần bị coi là tuyệt chủng, đó là loài cà cuống thuộc họ chân bơi. Nơi mà loài cà cuống này sống được phải có môi trường nước thật sự trong lành.[4]

Hiện tại, Vân Long được chính phủ Hà Lan, Quỹ Môi trường Toàn cầu (GEF) và Trung tâm Cứu hộ Linh trưởng quý hiếm Cúc Phương hỗ trợ việc bảo tồn các loài thú quý hiếm.